住院费用农保的报销流程如下：
住院登记与费用缴纳
由门诊医生或住院部医生诊断并开具住院证。
持农合证到住院收费窗口缴费并进行网络登记。
持住院证和缴款单到住院登记窗口登记，领取病历表及用品。
住院检查与治疗
到对口专科进行住院检查和治疗。
出院手续
出院时找主管医师开具出院证、诊断证和住院者身份核对单。
持个人缴款单到出院结算窗口办理出院手续。
持出院结算票据到所住科室护士站交出结算联，取回床位押金条，清点物品，再到出院结算处取出结算发票，领回床位押金，并打印清单汇总表。
报销申请
凭结算发票、农合证、身份证和户口簿原件及复印件，诊断证、住院者身份核对单、住院费用汇总清单到农合直补窗口报销，领取补助款。同一统筹期内达到起付标准的住院费用可累计报销，超过起付标准的住院费用实行分段计算，累加报销，每人每年累计报销有最高限额。
异地就医
在区内乡镇级普通门诊定点医疗机构可直接刷卡报销，在区内及区外市内定点医疗机构住院，出院结帐时直接刷卡报销。
在市外二级及二级以上的公立医疗机构医院住院治疗的参保患者，应在出院后的3个月内，将医药费原始发票、住院医药费用汇总明细清单、出院小结、医疗卡、户口本、门诊病历、经办人身份证直接到新农合窗口报销医药费用。
特殊病种门诊报销
参保患者可持二级及二级以上定点医疗机构出具的病历及相关检查报告资料以及《新农合特殊病种门诊治疗审批表》向新农合业管中心提出申请，经过审核批准之后，其门诊医药费用可以列入新农合的报销范围内。
意外伤害住院报销
出院后需要提交意外伤害引发的原因证明和医院的病案记录，对于一些无法提供有效证明和记录的，不予进行受理。参保患者将资料提交之后，新农合窗口受理后的30个工作日内完成，需经过新农合业管中心稽查人员的调查和审核，情况属实之后才能予以报销。
建议
提前了解：在住院前，建议先了解当地新农合的政策和报销流程，以确保顺利报销。
保留资料：在住院期间，务必保留好所有相关的费用清单、发票、诊断证明等，以便出院后办理报销手续。
及时办理：出院后应尽快办理报销手续，避免超过规定的报销时间限制。
通过以上步骤和注意事项，可以确保您能够顺利享受到农保的住院费用报销。