顶替学籍的处理方式主要包括以下几种情形：
法律途径
起诉：被顶替者可以向人民法院提起诉讼，要求顶替者停止侵权并承担损害赔偿责任。
刑事责任：根据《中华人民共和国刑法》第二百八十条之二【冒名顶替罪】，盗用、冒用他人身份，顶替他人取得的高等学历教育入学资格、公务员录用资格、就业安置待遇的，处三年以下有期徒刑、拘役或者管制，并处罚金。组织、指使他人实施前款行为的，依照前款的规定从重处罚。国家工作人员有前两款行为，又构成其他犯罪的，依照数罪并罚的规定处罚。
行政处理
注销学籍：被顶替者的学籍将被注销，顶替者取得的所有学历学位及相关证书也将作废。
开除工作：顶替者如果在国家公职机关或国有企业工作，相关单位应立即无条件开除；在外资企业、民营企业等工作的，由相关单位发出公函，建议企业立即处理；在国外求学的，由国家教育行政主管部门出具公函，建议相关学校立即处理。
民事赔偿
赔偿损失：被顶替者可以要求顶替者赔偿因侵权行为造成的损失，包括精神损害赔偿等。
其他后果
记录档案：顶替者的违法行为将被记入档案，并永久保留。
黑名单制度：国家教育行政主管部门将在相关网站设置冒名顶替者黑名单，任何单位和个人均可随时查询。
限制就业：顶替者毕生不能到国家公职机关及国有企业工作，不得享受公租房、经适房等福利待遇。
综上所述，顶替学籍的行为不仅会受到法律的严厉制裁，还会面临严重的民事赔偿和职业限制。建议被顶替者及时通过法律途径维护自己的权益，同时顶替者也要承担相应的法律责任。