在建筑工程结算中，甲供材料的扣减通常遵循以下原则和步骤：
合同规定
首先，需要查看工程承包合同中关于甲供材料的条款，确定是否参与取费以及具体的结算办法。
材料清单
提供完整的甲供材料清单，并由建设单位、业主或设计单位出具，承包人认可后作为依据。
计价规范
根据国家标准GB50500—2003《建设工程工程量清单计价规范》，甲供材料应计入投标报价中，并在综合单价中体现。
费用扣除
在工程结算时，甲供材料的价款通常需要从总造价中扣除。扣除的原则是以预算造价时的材料预算价格作为标准。
税金考虑
考虑甲供材料款的税金问题，承包人需要在增值税申报表中申报甲供材料的进税，而建设单位、业主或设计单位需要申报实际销售价格和税金。
其他费用
通常，除了甲供材料款之外，其他费用如保管费、试验费等应算给乙方。
支付方式
根据合同约定，甲供材料款可能由承包人垫付，在工程竣工验收后扣除，或者由建设单位、业主或设计单位直接支付。
软件操作
在某些情况下，可以使用软件自动处理甲供材料的扣除，如在项目的人材机汇总表中选择材料完全甲供，在费用汇总表中软件自动扣除。
请注意，以上步骤和原则可能因具体合同内容和地方规定而有所不同。在实际操作中，应以合同条款和当地相关规定为准。